元朝統(tǒng)治者征日失敗后，日中兩國邦交迄末正式恢復，但民間貿(mào)易從未中斷，甚至足利尊氏為籌措天龍寺建筑經(jīng)費，還曾于公元1341年派天龍寺船赴元貿(mào)易。后來兩國民間貿(mào)易受到倭寇的嚴重干擾。
倭寇主要由鐮倉時代以來西部一些名主、莊官、地頭為核心的純海盜幫以及武裝商人集團和游民等構(gòu)成。他們在西部豪族的組織下，以對馬、壹歧、北九州的松浦和瀨戶內(nèi)海為據(jù)點，侵掠朝鮮半島和中國大陸沿海地方。從13世紀上半期至16世紀中期活動了300余年之久。也有些中國人或以倭寇名義，或與之勾結(jié)進行海盜活動，但那主要是15世紀以后。
倭寇的活動始自公元1223年寇掠朗鮮金州。及至南北朝時期，因南朝許多潰兵敗將流亡海上，倭寇勢力大增，倍加兇猛。公元1323年至公元1422年的百年間寇掠朝鮮382次。據(jù)《高麗史》所說，倭寇侵朝鮮，所至“婦女嬰孩，屠殺無遺”;“擄我人民，焚蕩我府庫，千里肅然”。倭寇不僅蹂躪了半島南部沿海各地，且深入內(nèi)地，成為高麗王朝的心腹大思。在此期間，倭寇也開始頻擾中國，中國濱?？たh深受其害。
公元1369年(明洪武2年，正平23年)3月，倭寇與沿海海盜搶掠山東、江浙、廣東，朱元璋派楊載帶國書赴日交涉，要求征西將軍懷良親王鎮(zhèn)壓倭寇。懷良親王非但不理，反拘殺明使，自此倭寇更猖獗，竟經(jīng)山東南下，轉(zhuǎn)掠浙江溫(永嘉)、臺(臨海)、明(部縣)諸州、及至福建沿海。時懷良親王又暗助明左丞相胡惟庸謀反案件，圖謀“一舉干掉明主”。公元1387年(明洪武20年，元中4年)，寧波衛(wèi)指揮林賢借日兵助胡惟庸謀反事件被揭露，明太祖遂絕日本貿(mào)易，嚴海禁，遣將剿御倭寇。
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